Το Ελληνικό Παιδικό Μουσείο σχεδιάζει και πραγματοποιεί εκπαιδευτικά προγράμματα για διαφορετικές ομάδες κοινού μέσα στο Παιδικό Μουσείο της Αθήνας, σε άλλα μουσεία, σε ευρύτερα μουσειακούς χώρους, σε εργοστάσια, σε νοσοκομεία, σε βιβλιοθήκες, σε φυλακές, σε χώρους πολιτισμού και εκπαίδευσης.